對于投資者，按照交易發生地原則實行保護。即投資于誰的市場，由誰進行監管。投資者還可依涉外民事訴訟法，向有管轄權的法院提起民事賠償訴訟，并通過兩地司法協助機制予以執行，維護自身合法權益。具體制度安排主要有三方面：

　　一是監管機構層面，在中國證監會與香港證監會于1993年簽署的《監管合作備忘錄》及其附函基礎上，針對滬港通涉及的具體跨境監管問題，進一步簽署補充協議，就內幕交易、操縱市場等違法交易行為認定標準差異的處理、監管信息共享機制、違法違規線索提供機制、協助調查取證和配合采取相關監管措施等方面作出具體約定。

　　二是交易所層面，滬、港交易所在雙方《監管合作備忘錄》的基礎上，通過簽訂《監管合作補充協議》的方式，明確滬港通的具體監管合作機制。

　　三是考慮到目前內地與香港尚無司法協助的相關協定，民事及刑事的跨境執法只能依靠個案處理。行政執法層面雙方已有過合作，但仍缺乏充分的法律依據。跨境司法協助問題將根據滬港通的實踐情況積極推動、逐步解決。